Atlantide s’attache chaque année à proposer une programmation plus spécifiquement destinée à un jeune public. Plusieurs rencontres avec des auteurs jeunesse sont ainsi organisées, ainsi que des séances de dédicaces.

Atlantide héberge également le Prix Bermond-Boquié, le prix littéraire pour la jeunesse de la Bibliothèque municipale de la ville de Nantes. Il est décerné par les jeunes des clubs de lecture des bibliothèques de Nantes, de Saint-Sébastien-sur-Loire, de la Bibliothèque 1001 pages, de l’Espace Lecture Malakoff, des bibliothèques ACCOORD Pilotière et Boissière, ainsi que des élèves du CM1 à la 5e de Nantes. Depuis 2019, les internautes peuvent également voter en ligne. Le lauréat est proclamé durant le festival. En 2020, le Prix Bermond-Boquié a récompensé Tom Avery pour son livre Le sourire étrange de l’homme poisson.