Atlantide s’attache chaque année à proposer une programmation plus spécifiquement destinée à un jeune public. Plusieurs rencontres avec des auteurs jeunesse sont ainsi organisées, ainsi que des séances de dédicaces.

Atlantide héberge également le Prix Bermond-Boquié, le prix littéraire pour la jeunesse de la Bibliothèque municipale de la ville de Nantes. Il est décerné par les jeunes des clubs de lecture des bibliothèques de Nantes, de Saint-Sébastien-sur-Loire et des bibliothèques associatives 1001 pages et espace Lecture Malakof, et par des élèves de classes primaires et de 6e de Nantes. Depuis l’année dernière, les internautes peuvent également voter en ligne. Le lauréat est proclamé durant le festival. En 2019, le Prix Bermond-Boquié a récompensé Alexandre Chardin pour son livre Des vacances d’Apache.